受疫情影响，盐田港暂停了五天的集装箱出口，虽然5月31日零点重新恢复接收eta-3的出口货柜，然而港口作业速度全面减缓，船期严重延误、集装箱周转期延长数倍、集装箱短缺问题恶化，同时船舶的跳港导致大量华南货物涌向周边的蛇口港和广州南沙港。
而目前南沙港被汹涌的货物攻陷出现拥堵，有的路段已成了停车场全天24小时拥堵。出现史无前例的排队长龙，据了解，南沙拖车，至少需要提前5天排队。
5日下午，南沙区发布通告称，为配合全员核酸检测工作，自6月5日14时起，全区城市公交、地铁、轮渡、长途客运暂停运营，无特殊原因，市民不要离开，高快速路、高铁、码头等全部离南沙通道暂时关闭，恢复时间另行通告。
6日最新通告已恢复运营但加强进港车辆司机管理，来自网友的信息：南沙港新龙桥高速入口6日下午4时已经关闭，除承担抗疫物资运输和必须出区采购生活物资车辆可通行外，其他一律等通知。
同时，盐田港也发布《关于配合防疫检查通告》：
各位司机：
根据政府防疫要求，所有进港司机必须出示粤康码和行程码，非绿码、以及近期曾到过南沙港的司机及车辆禁止进港；即日开始执行，请给予配合。
盐田国际集装箱码头
2021年6月6日
目前各港口情况如下：
盐田港：eta在72小时内还柜+预约还柜模式，6月8日后，当天早上8点开放预约还出口重柜；近期曾到过南沙港的司机及车辆禁止进港。
蛇口/赤湾港：eta在72小时内还柜--自6月6日零点起调整收出口重箱时间，仅接收船舶预计到港日期（简称：eta）3天内的出口重箱，赤湾自6月7日零时起，进入码头须提供3天内的核酸检测报告，否则不予进港；
大铲湾：6月11日零时起，eta-7天。暂不允许外地拖车（非粤b车牌）车辆进港；拖车司机需持有72小时核酸证明；
南沙港：eta-7天，部分道路封闭影响还柜提柜；及时筛查拖车司机队伍，从中高风险地区来的人员，需强制隔离14天，经两次核酸监测正常方能上岗，进入港区开展作业。
“南沙港封闭，盐田港只有三分之一的运力得到恢复，接下来很长一段日子，将是国际物流最艰难的开始和考验。”
不仅如此，若拥堵持续，国际海运运价或将迎来新一轮涨价。